Các nhân tố chuyển vị ngược đã được phân loại vào lớp TE I (Gen nhảy). Lớp này lại được chia thành nhiều nhóm, thường được gọi là lớp phụ.

• Nhiều tác giả phân loại lớp TE I này (retrotransposons) gồm 2 lớp phụ:[3], [13]

1. nhân tố chuyển vị ngược có đầu cuối lặp lại dài (retrotransposons long terminal repeat, viết tắt là LTR);
2. nhân tố chuyển vị ngược không có đầu cuối lặp lại dài (retrotransposons Non-LTR retrotransposons, viết tắt là NonLTR).

Cơ sở chính của cách phân loại này dựa vào phát sinh của phiên mã ngược, phù hợp với khác biệt về cấu trúc chủ yếu là sự hiện diện / vắng mặt của đoạn lăp lại ở đầu cuối, cũng như số lượng và loại khung đọc, tên miền mã hóa và vị trí đích. Cơ sở này được cho là xuất phát từ ý kiến của David Baltimore, trình bày tại một hội nghị khoa học chuyên đề ở Cambridge, Massachusetts vào năm 1976, về bộ gen của Drosophila melanogaster (ruồi giấm).[14]

Ngoài ra, mỗi lớp phụ trên còn được chia thành nhiều nhóm nhỏ hơn gọi là kiểu phụ (sub-types).